Sejarah lembaga kemahasiswaan di dalam lingkup Fakultas Kedokteran UII berawal dari himbauan dekanat kepada mahasiswa Fakultas Kedokteran UII angkatan 2001 (angkatan pertama) untuk membentuk Dewan Angkatan 2001 sebagai wadah untuk menyalurkan aspirasi, kegiatan, informasi dan perkembangan yang ada di sekitar mahasiswa untuk mempermudah komunikasi dengan pihak dekanat. Sehingga pada saat diadakan acara ONDI 2001, para mahasiswa Fakultas Kedokteran UII sepakat akan adanya Dewan Angkatan dengan cara pemilihan umum (pemilu) intern Fakultas Kedokteran, yang dimandatkan kepada Komite Pemilihan Umum (KPU) Angkatan yang diketuai oleh R.Beny. Melalui pemilu ini akhirnya terbentuk sebuah kepengurusan Dewan Angkatan 2001 yang diketuai oleh Alfan Nur A.
 
Dewan Presidium Mahasiswa

Meskipun di Fakultas Kedokteran UII telah terbentuk Dewan Angkatan, namun kepengurusan tersebut belum dapat diakui secara sah sebagai Keluarga Mahasiswa UII. Mengingat banyaknya kegiatan yang dilakukan oleh mahasiswa Fakultas Kedokteran UII, maka diperlukan suatu lembaga yang legitimate. Hal ini dimaksudkan untuk mempermudah penyaluran aspirasi mahasiswa kepada universitas dan sebagai sarana informasi tentang berbagai perkembangan yang ada di dalam maupun di luar kampus. Pada tanggal 15 Mei 2002, dibentuklah KPU Presidium diketuai oleh Herdhana yang beranggotakan 13 orang. KPU Presidium ini kemudian menyelenggarakan pemilu mahasiswa (PEMILWA) FK UII pada tanggal 24 dan 28 Mei 2002 dengan berlandaskan Surat Keputusan Dewan Permusyawaratan Universitas Islam Indonesia (DPM UII) No.VII/TAP/DPMU-UII/V/2002. Selanjutnya diadakan pelantikan Dewan Presidium Mahasiswa oleh ketua DPM UII periode 2000-2002; Anshor Sholeh berdasarkan SK DPM UII No.VIII/TAP/DPMU-UII/V/2002.

Dewan Perwakilan Mahasiswa dan Lembaga Eksekutif Mahasiswa

Setelah tiga tahun, akhirnya melalui SK DPM UII No.8/SK/DPM-UII/VII/2005 diputuskan Dewan Presidium Mahasiswa Fakultas Kedokteran telah layak menjadi Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) dan Lembaga Eksekutif Mahasiswa (LEM). Pada bulan Mei 2005, diadakan Pemilu Mahasiswa (PEMILWA) Fakultas Kedokteran UII untuk memilih mahasiswa-mahasiswa yang layak menjadi wakil-wakil mahasiswa yang duduk di DPM Fakultas Kedokteran UII. Pada hari Minggu 12 juni 2005, diadakan Sidang Umum I Mahasiswa Fakultas Kedokteran untuk pertamakalinya. Pada tanggal 13 Juni 2005 diadakan acara pelantikan pengurus DPM Fakultas Kedokteran UII oleh DPM UII dan serah terima jabatan dari Dewan Presidium Mahasiswa kepada DPM Fakultas Kedokteran UII, terpilih sebagai ketua DPM Fakultas Kedokteran UII pertama yaitu Kiki Widyastuti (2002). Selanjutnya pada awal bulan Juli 2005 diadakan seleksi dan rekrutment fungsionaris LEM Fakultas Kedokteran UII oleh Ketua LEM Fakultas Kedokteran UII pertama yaitu Agus Rovikul anwar (2003). Melalui rekrutment ini didapatkan 22 orang fungsionaris LEM yang kemudian dilantik oleh DPM FK UII pada tanggal 27 Juli 2005, sekaligus menandai kiprah awal DPM-LEM untuk yang pertamakalinya di Fakultas Kedokteran UII.