Adapun rumusan visi, misi, dan tujuan program studi pendidikan dokter adalah sebagai berikut :

Visi  :  

Terwujudnya Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran  Universitas Islam Indonesia sebagai rahmatan lil 'alamin, memiliki komitmen pada kesempurnaan (keunggulan), risalah Islamiyah di bidang pendidikan, penelitian, pengabdian pada masyarakat dan dakwah, setingkat  dengan  Program Studi Pendidikan Dokter yang berkualitas di negara-negara maju pada tahun 2021.
Misi  :  
Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia sebagai program studi yang menghasilkan dokter yang bermanfaat bagi masyarakat, mampu menerapkan nilai-nilai Islami serta berdaya saing tinggi, memiliki keunggulan dalam keislaman, kelimuan, kepemimpinan, keahlian, kemandirian dan profesionalismeprogram studi
 

Tujuan  PSPD FK UII :

  1. Menghasilkan dokter yang  mampu menerapkan nilai-nilai Islam dalam kehidupan yang universal.
  2. Menghasilkan dokter yang mandiri & profesional dalam pelayanan kesehatan yang setara dengan negara-negara maju.
  3. Meningkatkan peran sivitas akademika dalam penelitian kesehatan untuk mendukung upaya perbaikan kualitas kesehatan masyarakat
  4. Meningkatkan kuantitas dan kualitas  penelitian dosen yang bertaraf nasional dan internasional
  5. Meningkatkan peran sivitas akademika dalam pengabdian masyarakat untuk perbaikan kualitas kesehatan masyarakat
  6. Meningkatkan kuantitas dan kualitas pengabdian masyarakat yang bertaraf nasional dan internasional
  7. Meningkatkan kuantitas dan kualitas da’wah yang merujuk pada Alqur’an dan Hadits.


Sasaran Mutu PSPD FK UII :

  1. Lulusan bekerja dalam enam bulan pertama minimal 90%.
  2. Tepat waktu studi minimal 90%.
  3. Nilai Kinerja Dosen dalam aspek pedagogik, sosial dan profesional dengan nilai baik  minimal 90%.
  4. Capaian kompetensi ke-UII-an lulusan yang meliputi keislaman, kebangsaan,  kewirausahaan, Bahasa Inggris dengan nilai baik, minimal 90%
  5. Lulus Uji Kompetensi Dokter Indonesia minimal 80%
  6. Jumlah dosen dengan publikasi karya ilmiah internasional  minimal 5%
  7. Jumlah dosen asing minimal 1%.
  8. Jumlah mahasiswa baru berasal dari luar negeri minimal 1%.