Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia (FK UII) merupakan salah satu dari 8 fakultas yang ada di lingkungan UII.  Saat ini FK UII memiliki satu program studi yaitu Program Studi Pendidikan Dokter.  Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia dengan program studi strata S-1 Pendidikan Dokter berdiri pada tahun 2001, berdasarkan SK DIRJEN

Untuk menjadi mahasiswa unggulan pondok pesantren calon harus lulus salah satu pola seleksi, baik melalui pola seleksi CBT, PBT maupun PSB dan lulus tes khusus yang diselenggarakan oleh Pondok Pesantren UII. Penjaringan calon mahasiswa Unggulan Pondok Pesantren ini memberikan beasiswa yang  dibagi menjadi 2 (dua) tipe yaitu Beasiswa Penuh (Tipe

PSB adalah pola penerimaan calon mahasiswa melalui seleksi prestasi Bidang Akademik dan Minat-Bakat. Jalur PSB ini terdiri dari beberapa kategori. Semua program studi menerima jalur PSB dengan pengaturan kuota dan seleksi yang ditentukan oleh Fakultas. Kategori Siswa Berprestasi Bidang Akademik Ditujukan bagi siswa dengan kemampuan akademik yang baik atau sebagai

Computer Based Test (CBT) CBT adalah pola seleksi melalui Ujian Potensi Calon Mahasiswa (UPCM) yang diselenggarakan dengan menggunakan komputer.  Calon dapat memilih maksimal 2 pilihan program studi. Tes dilaksanakan di UII dan di kota-kota tertentu di luar DIY. Semua program studi kecuali program studi Pendidikan Dokter melakukan penerimaan dengan Pola