Fakultas Kedokteran UII juga menyediakan berbagai fasilitas pendukung di lingkungan kampus dan dapat diakses oleh seluruh civitas academica.
Gedung Kuliah
Kegiatan perkuliahan di FK UII dilaksanakan di Gedung Kuliah Prof. Dr. Sardjito, MPH. Gedung kuliah tiga lantai memiliki 3 ruang kuliah teaterikal dan satu ruang sidang/rapat. Gedung ini dilengkapi dengan fasilitas yang sangat memadai. Setiap ruang kuliah dilengkapi dengan fasilitas ruang ber-AC, audio visual yang baik dan terkoneksi internet. Selain itu, di lingkungan gedung kuliah juga dilengkapi dengan kantin, hotspot dan fasilitas parkir yang luas.
Ruang Tutorial
Ruang Tutorial digunakan untuk diskusi kelompok kecil seperti tutorial dan praktikum medik. Fasilitas yang dimiliki meliputi 1 LCD proyektor, 1 meja diskusi besar, kursi berjumlah 10 – 12 kursi untuk mahasiswa dan 1 kursi dengan alas tulis untuk tutor. Ruang Tutorial memiliki sambungan internet berupa nirkabel yang dapat dimanfaatkan oleh mahasiswa dalam mencari bahan pembelajaran.
Perpustakaan
Perpustakaan FK UII berlokasi di Gedung Dr Soekiman Wirjosandjojo Lantai I sayap barat Fakultas Kedokteran UII Kampus Terpadu. Perpustakaan FK UII buka pada jam kerja Senin-Jum’at pada pukul 08.00-16.30. Perpustakaan FK UII memiliki koleksi terdiri atas buku teks, Atlas kedokteran, Surat kabar, Jurnal dan Majlah kedokteran, Kaset, CD. Selain itu ruang ber-AC dilengkapi meja belajar dan meja diskusi.
Auditorium
Fakultas Kedokteran UII memiliki ruang auditorium berkapasitas 100 peserta atau sesuai kebutuhan. Auditorium berlokasi di lantai 1 Gedung Dr Soekiman Wirjosandjojo. Auditorium digunakan untuk kegiatan rapat terbuka civitas academica terutama untuk rapat pleno baik dosen maupun tenaga kependidikan. Di samping itu auditorium juga digunakan sebagai sarana kegiatan ilmiah antara lain seminar, workshop pendidikan dan kegiatan sejenis.
Laboratorium FK UII
Laboratorium Fakultas Kedokteran UII merupakan unit laboratorium yang digunakan untuk praktikum baik untuk mahasiswa Fakultas Kedokteran UII maupun peneliti yang ingin memanfaatkan alat yang disediakan di laboratorium. Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran memiliki beberapa fasilitas yang dapat digunakan oleh mahasiswa maupun peneliti meliputi bidang anatomi, histologi, mikrobiologi, dan bidang kedokteran lainnya.
Laboratorium Komputer
Laboratorium Komputer FK UII memiliki 110 unit komputer yang siap digunakan untuk berbagai aktifitas seperti perkuliahan, praktikum IT, dan seminar maupun workshop yang berkaitan dengan teknologi informasi. Selain itu Laboratorium Komputer FK UII biasa digunakan untuk ujian blok untuk mahasiswa program studi sarjana dan juga untuk ujian UKMPPD bagi mahasiswa program studi profesi.
Studio Blended learning
Studio Blended Learning digunakan untuk menunjang perkuliahan baik perkuliahan yang dilakukan secara daring maupun secara luring. Selain itu, studio ini digunakan untuk kegiatan pengabdian masyarakat berupa workshop untuk masyarakat umum dengan tema terkait dengan permasalahan-permasalahan umum dalam bidang kesehatan yang sering terjadi di masyarakat dengan tujuan untuk menyebarluaskan fakta agar masyarakat dapat teredukasi dengan baik.
Ruang OSCE
Ruang OSCE merupakan tempat baik untuk latihan keterampilan medik maupun sebagai tempat untuk ujian keterampilan medik. Ruang OSCE terdiri dari 2 lokasi yaitu Ruang OSCE A (timur) dan Ruang OSCE B (timur). Masing-masing memiliki 12 station ujian dan masing-masing station memiliki fasilitas laptop untuk penilaian. Selain untuk ujian keterampilan medik bagi mahasiswa program sarjana, Ruang OSCE juga digunakan untuk ujian keterampilan medik bagi program profesi dokter sebagai ujian akhir kelulusan untuk dapat menjadi dokter.
Student Area
Student Area digunakan untuk sarana belajar mahasiswa setelah selesai perkuliahan, juga dapat digunakan sebagai tempat diskusi yang nyaman, asri, dan sejuk karena berada di luar ruangan. Student Area dilengkapi dengan koneksi internet kampus yang dapat digunakan oleh mahasiswa untuk mencari sumber referensi.
Mini Hospital
Mini Hospital adalah tempat menyerupai rumah sakit di dalamnya terdapat poli-poli yang dapat digunakan untuk simulasi maupun praktikum mahasiswa Fakultas Kedokteran UII. Mini hospital dilengkapi dengan alat-alat pendukung seperti bed rumah sakit, lampu bedah, dan sarana pendukung lainnya.
UII Print
UIIPrint adalah layanan terbaru berbantuan teknologi informasi yang memungkinkan mahasiswa, dosen, dan tenaga kependidikan untuk melayani diri sendiri untuk mencetak (print), memindai (scan), dan memfotokopi (photocopy) dokumen. UIIPrint disediakan di Fakultas Kedokteran UII bertempat di depan Ruang Tutor Lantai 2 dan depan Ruang Mini Hospital Lantai 1.
Selain fasilitas yang diberikan oleh Fakultas Kedokteran UII, berbagai fasilitas kampus di Universitas Islam Indonesia disediakan untuk mendukung mahasiswa untuk mendapatkan pengalaman belajar yang terbaik selama menempuh studinya di UII.