Sejarah lembaga kemahasiswaan di dalam lingkup FK UII berawal dari himbauan Dekanat kepada mahasiswa FK UII angkatan 2001 (angkatan pertama) untuk membentuk Dewan Angkatan 2001 sebagai wadah untuk menyalurkan aspirasi, kegiatan, informasi dan perkembangan yang ada di sekitar mahasiswa untuk mempermudah komunikasi dengan pihak Dekanat. Sehingga para mahasiswa FK UII sepakat akan adanya Dewan Angkatan dengan acara pemilihan umum (pemilu) internal FK UII, yang dimandatkan kepada KPU angkatan yang diketuai oleh Rahadian Beny. Melalui pemilu ini akhirnya terbentuk sebuah kepengurusan Dewan Angkatan yang diketuai oleh Alfan Nur.

MASA PRESIDIUM

Meskipun di FK UII, telah terbentuk Dewan Angkatan, namun kepengurusan tersebut belum dapat diakui secara sah sebagai Keluarga Mahasiswa UII. Mengingat banyaknya kegiatan yang dilakukan oleh mahasiswa FK UII, maka diperlukan suatu lembaga yang legitimate. Hal ini dimaksudkan untuk mempermudah penyaluran aspirasi mahasiswa kepada universitas dan sebagai sarana informasi tentang berbagai perkembangan yang ada di dalam maupun di luar kampus. Pada tanggal 15 Mei 2002, dibentuk Komisi Pemilihan Umum (KPU) Presidium yang beranggotakan 13 orang dengan Ketua Herdhana S. KPU Presidium ini kemudian menyelanggarakan pemilu mahasiswa (PEMILWA) FK UII pada tanggal 24 dan 28 Mei 2002 dengan berlandaskan Surat Keputusan Dewan Permusyawaratan Mahasiswa Universitas Islam Indonesia (DPM UII) No.VIII/TAP/DPMU-UII/V/2002. Akhirnya melalui PEMILWA ini terpilih 4 orang sebagai Dewan Presidium, yaitu: Wirawan Hanindito W., Nasrah Anastasia Anjani, Pandang Tedy A., dan Hari P. Selanjutnya diadakan pelantikan dewan Presidium Mahasiswa oleh ketua DPM UII periode 2000-2002; Anshor Sholeh berdasarkan SK DPM UII No. VIIII/TAP/DPMU-UII/V/2002.

DPM-LEM

Setelah tiga tahun, akhirnya melalui SK DPM UII No.8/SK/DPM UII/VIII/2005 diputuskan Dewan Presidium Mahasiswa Fakultas Kedokteran telah layak menjadi dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) dan Lembaga Eksekutif Mahasiswa (LEM).
Pada bulan Mei 2005, diadakan PEMILWA FK UII untuk memilih mahasiswa-mahasiswa yang layak menjadi wakil-wakil mahasiswa yang duduk di DPM FK UII. Akhirnya terpilih 9 orang anggota legislatif yaitu: Kiki Widyastuti, Agus Rovikul Anwar, Muhammad Sarwansyah, Harry Purnama Putra, Adrian Taufik, Afina Rahma, Andrianor Rahman, Eka Rosmarini Sariwulan dan Henny Cloridina.
Pada hari Minggu 12 Juni 2005, diadakan Sidang Umum I mahasiswa fakultas Kedokteran yang dihadiri oleh anggota legislatif terpilih dan beberapa elemen perwakilan mahasiswa. Dalam Sidang Umum ini diputuskan beberapa keputusan-keputusan, termasuk diantaranya yang terpenting adalah: menetapkan struktur DPM FK UII dan mengangkat Agus Rovikul Anwar sebagai Delegatoris DPM FK UII untuk menjadi Ketua LEM FK UII.
Pada tangga 13 Juni 2005 diadakan acara pelantikan pengurus DPM FK UII oleh DPM UII dan serah terima jabatan dari Dewan Presidium Mahasiswa kepada DPM FK UII. Selanjutnya pada bulan Juli 2005 diadakan seleksi dan rekrutment fungsionaris LEM FK UII oleh Ketua LEM FK UII