Pada tahun 1964-1970 di bawah kepemimpinan Prof.Dr.Sardjito sebagai rektor, UII melakukan pengembangan dan meluaskan sayapnya untuk tingkat pusat dan membuka cabang-cabangnya di daerah, serta membuka fakultas-fakultas eksakta di UII. Salah satu diantaranya adalah dibukanya Fakultas Kedokteran di UII Surakarta. Fakultas Kedokteran UII Surakarta didirikan tepatnya tanggal 9 Desember 1964 yang diprakarsai oleh Prof. Dr. Sardjito, Prof KHA Kahar Muzakir, Dr Soekiman Wijosandjojo dan KH Imam Ghazali.
 
Tahun 1967 Direktur Jendral Perguruan Tinggi mengeluarkan surat keputusan No 164 tahun 1967 tentang "Persyaratan Guna Pembinaan Perguruan Tinggi Swasta", yang pelaksanannya dijelaskan dalam penjelasan tertulis dari kepala Biro Perguruan Tinggi Swasta dan Kedinasan Direktorat Jendral Perguruan Tinggi no 1223/PT/III/1968 tanggal 3 Desember 1968. Berdasarkan keputusan ini cabang-cabang UII di daerah harus dilepaskan meskipun telah lama dirintis dan dibina. Kemudian cabang-cabang UII di daerah ada yang membubarkan diri, setelah menyalurkan mahasiswanya ke UII pusat Yogyakarta, ada yang menjadi perguruan tinggi otonom, atau melebur dengan fakultas sejenis di daerah yang bersangkutan. Demikian juga Fakultas Kedokteran UII Surakarta melebur dengan Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta.

Dalam likuidasinya, ternyata Fakultas Kedokteran UII Surakarta sulit melepaskan diri dari UII, tidak semuanya dapat menerima. Banyak yang ingin meneruskan kuliah sebagai mahasiswa kedokteran UII. Akhirnya Staf pimpinan Fakultas Kedokteran Surakarta mengusulkan pada dewan pengurus badan wakaf agar Fakultas Kedokteran UII dipindah ke Yogyakarta.

Sampai akhir 1974 secara resmi Fakultas Kedokteran UII masih berjalan. Pada tahun 1975, karena fasilitas yang masih terbatas dan terutama karena adanya peraturan pemerintah tentang penyelenggaraan fakultas kedokteran swasta, maka mahasiswa yang sudah terlanjur diterima disalurkan ke FK Universitas Sebelas Maret (UNS ) Surakarta. Sejak saat itu UII tidak mempunyai fakultas kedokteran.

Kemudian dalam perkembangannya, didorong keinginan berkiprah dalam peningkatan derajat kesehatan, serta kebutuhan dokter di Indonesia yang masih tinggi, UII merencanakan dalam dekade pertama abad 21, membuka fakultas kedokteran lagi. Dengan perjuangan yang keras, akhirnya FK UII mendapatkan ijin penyelenggaraan program pendidikan dokter berdasarkan surat Dirjen Dikti Depdiknas no 3084/D/T/2001 . Sejak tanggal 3 September 2001 proses pembelajaran telah mulai dilaksanakan di Fakultas Kedokteran UII.