Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia (FK UII) merupakan salah satu dari 8 fakultas yang ada di lingkungan UII.  Saat ini FK UII memiliki satu program studi yaitu Program Studi Pendidikan Dokter.  Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia dengan program studi strata S-1 Pendidikan Dokter berdiri pada tahun 2001, berdasarkan SK DIRJEN DIKTI Nomor 368/DIKTI/Kep/2001. Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia telah memperoleh peringkat akreditasi A, sesuai dengan SK BAN-PT Nomor 024/BAN-PT/Ak-XV/S1/VIII/2012 tertanggal 10 Agustus 2012 sampai dengan 10 Agustus 2017.
Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia sejak pertama kali berdiri sudah menyelenggarakan metode pembelajaran dengan sistem PBL (Problem Based Learning), di mana mahasiswa belajar berdasar masalah. Pada sistem ini mahasiswa menjadi pusat pembelajaran (student center). Kurikulum berbasis kompetensi (KBK) telah dilaksanakan sejak tahun 2005, sesuai dengan rekomendasi dari DIKTI.
Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia dalam melaksanakan tugas sebagai sebuah institusi pendidikan tinggi, FK UII menjalankan pilar Catur Dharma, yaitu: pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan dakwah. Proses pembelajaran FK UII dilaksanakan di kampus terpadu UII dan di beberapa rumah sakit mitra pendidikan dan puskesmas yang tersebar di Yogyakarta, Jawa Tengah dan Jawa Timur.
Peta Kurikulum Berbasis Kompetensi 2011
curriculum-map-2011
Peta Kurikulum Berbasis Kompetensi 2016
curriculum-map-2016